Almedíjar se formaría como poblado durante el dominio musulmán. De hecho, el nombre de Almedíjar procede del vocablo árabe "Al- Masajir", palabra plural de "Al- Majsar" que significa caserío, traduciéndose pues por "los caseríos o cortijos". Esto se debe a que en su origen la zona estaba formada por una serie de núcleos de población pequeños diseminados por la Sierra, que hallarían en la población actual el punto de reunión para realizar transacciones comerciales y como refugio al estar amurallada.

          Tras la Reconquista Cristiana de Jaime l en 1238, Almedíjar y su Castillo son donados a la Orden del Temple, a quienes perteneció hasta la disolución de la Orden en 1312. Durante este periodo se construyó la Iglesia y se organizó toda la clase social de la época. Los Templarios expidieron la Carta Puebla a Almedíjar el 18 de febrero de 1262, perteneciendo a la Jurisdicción de Alcalá de Xivert.

          Tras el dominio Templario, la Baronía de Almedíjar estuvo vinculada a familias como los Centelles y, posteriormente a los Montcada, de Nules. En 1528, durante la Rebelión de los Moriscos de Espadán, tuvo lugar la cruenta Batalla de Almedíxer, donde perecieron más de 2000 moros, un gran número de cristianos y se destruyó el castillo. Esta batalla supuso la derrota definitiva de los musulmanes y que puso fin a la rebelión de los moriscos en el Reino de Valencia.