Se han encontrado restos de poblamientos ibéricos en los yacimientos de San Roque y el Castillejo. A pesar de esto, la localidad es de fundación musulmana y, después de la reconquista, mantuvo su poblaciónmusulmana hasta su expulsión en 1368 a raíz de su rebelión durante la guerra de Castilla. Dicho año esta alquería recibió una primera Carta Puebla, que se vio completada y ratificada por el Obispo de Segorbe, Íñigo de Valterra, en 1379 cuando, a título particular, compró el lugar.

           Mas tarde repoblaría el sitio con cristianos viejos de Teruel principalmente, la dotaría de Vicaría perpetua y regularía sus relaciones personales y laborales mediante la Carta-Puebla otorgada a 20 pobladores.

           Tras la muerte del Obispo en 1407, el lugar pasaría a manos de su sobrino, de igual nombre que su tío. En 1423 aparece como Señor de Benafer don Juan Scorna,  y pocos años después, pasaría a Medina.

           Ya en 1610-11 se presentan como titulares los Sanz de Cotanda; y en 1786, aparece como dueño de Benafer D. Joaquin Castellví y de la Figuera. A mediados del siglo XIX, lo eran los Marqueses de Rafol, posiblemente como últimos propietarios del lugar, pues en 1850 la desamortización de Madoz abolió los señoríos.

           Tras la guerra civil y debido a la destrucción sufrida hubo de ser reconstruido, modificando el aspecto de la plaza del Ayuntamiento y de la iglesia.

           Actualmente quedan restos de trincheras de la Guerra Civil Española (1936-1939) rodeando la población por varios puntos (monte de San Roque, Los Novales).

           A finales de este siglo y principios del XX, cruzarían el término dos trazados ferroviarios: el del Central de Aragón y el de Sierra Menera.

           El trabajo más representativo de estas compañías serían los viaductos construidos junto al Manantial de la Fuensanta, los más espectaculares de la comarca.